Filomeno dos Santos está ligado a dois processos judiciais, sendo que este indulto diz respeito ao caso que ficou conhecido como '500 milhões'. 'Zenu', na altura presidente do Fundo Soberano de Angola, o antigo governador do Banco Nacional de Angola (BNA) e outros dois funcionários da instituição foram condenados por burla por defraudação, tráfico de influência e peculato, num processo que envolveu a transferência ilícita de 500 milhões de dólares do BNA para um banco em Londres. A condenação de Filomeno dos Santos fixou-se em cinco anos de prisão efectiva, que começou a cumprir em 2020.
No entanto, após um recurso que viu a condenação confirmada pelo Tribunal Supremo, um novo recurso para o Tribunal Constitucional viria a dar razão aos arguidos, gerando um impasse. Assim, desde Abril do ano passado que não existe entendimento entre os tribunais, estando instalada uma espécie de 'guerra institucional'. Desta forma, Filomeno dos Santos tem respondido neste processo sempre em liberdade, embora esteja impedido de sair do país.
No entanto, o filho do ex-Presidente explica que não encontra sentido em aceitar um indulto presidencial referente a um crime que diz não ter cometido e do qual foi absolvido pelo Tribunal Constitucional. Numa carta enviada a João Lourenço, à qual o canal televisivo português SIC teve acesso, explica que o indulto é um "equívoco legal" uma vez que só visa "a anulação do cumprimento da pena, situação que comprometeria gravemente o exercício pleno dos direitos básicos".
A SIC explica que uma vez absolvido pelo Constitucional, aceitando o indulto este será uma nova condenação, já que o indulto tem como objectivo evitar o cumprimento da pena, mas os efeitos da condenação mantém-se.
José Filomeno dos Santos está ainda ligado a um segundo processo, referente à gestão do Fundo Soberano de Angola. No âmbito desse processo esteve seis meses em prisão efectiva, durante 2018. Não existindo comunicações recentes sobre o mesmo, poderá deduzir-se que se encontra arquivado, mas sem confirmação oficial.
O Presidente da República ainda não se pronunciou sobre a recusa do indulto, concedido a 51 condenados, que deixaram de cumprir pena a 1 de Janeiro.